Το ομώνυμο εσωτερικό Εργαστήριο Πειραματικής Χειρουργικής ιδρύθηκε το 1999 (ΦΕΚ: Α’17/08-02-1999 και ακολούθως Β1/17−12−2004 & Β’1750/05-11-2010) και έχει βασική αποστολή την κάλυψη των ερευνητικών αναγκών της Α΄ Προπαιδευτικής Χειρουργικής Κλινικής και την ενίσχυση του διδακτικού έργου στους φοιτητές.
Από της ιδρύσεως του το Εργαστήριο Πειραματικής Χειρουργικής αποτελεί τον κατ’ εξοχήν φορέα έρευνας και καινοτομίας της Κλινικής προσφέροντας επιστημονική και εργαστηριακή υποστήριξη στα ερευνητικά και κλινικά πρωτοκόλλα που εφαρμόζονται στα πλαίσια διεξαγωγής διδακτορικών διατριβών και χρηματοδοτούμενων από έγκριτους εθνικούς και διεθνείς φορείς ερευνητικών προγραμμάτων με επιστημονικούς υπεύθυνους μέλη ΔΕΠ Πανεπιστημιακών Κλινικών.